Objectif principal

Nous visons à mettre au point une plate-forme de génotypage du génome hautement abordable qui offrira un service de génotypage rapide aux développeurs de semences.

Contexte

Le germoplasme utilisé dans les programmes de sélection est généralement de deux types: 1) le matériel élite déjà adapté aux zones de croissance ciblées et 2) les accessions exotiques qui sont de nouvelles sources génétiques qui confèrent des traits spécifiques d'intérêt. Lorsqu'on développe des outils efficaces de génotypage, il faut tenir compte de ces deux facteurs. L'approche que nous proposons repose sur la combinaison d'une approche de génotypage à très faible coût, du génotypage par séquençage (GBS) et du séquençage du génome complet des lignées représentatives du soya, qui permettront alors de caractériser rapidement n'importe quelle lignée avec des millions de SNP.

Sous-objectifs

Les sous-objectifs suivants seront essentiels pour atteindre l'objectif principal.

Act.1.1 Production d'une carte des haplotypes par séquençage du génome entier

Nous viserons à définir la diversité génétique qui existe à l'échelle du génome des lignées élites de soya pour les saisons courtes et des accessions "exotiques" qui intéressent les éleveurs au Canada (et ailleurs).

Act.1.2 Développement d'une carte intégrée d'haplotypes pour le soya de saison courte

Le but de ce sous-objectif est d'abord d'imputer toutes les données manquantes dans notre ensemble de SNPs dérivées de GBS (typiquement 50-60K marqueurs, selon le séquençage fait), puis d'intégrer ces données GBS SNP avec d'autres données SNP existantes provenant de d'autres approches de génotypage.

Act.1.3 Production d'une base GBS "universelle" pour permettre le génotypage rapide

Ce sous-objectif vise à développer un pipeline de génotypage très efficace pour extraire rapidement un catalogue de SNPs directement à partir des données GBS.

Act.1.4 Formation des sélectionneurs privés et publics sur la gestion de ces ensembles de données

Notre objectif est d'assurer un engagement actif des sélectionneurs dans l'utilisation de jeux de données génotypiques à grande échelle par le biais d'ateliers de formation.

Milestones

1) Catalogue complet des SNP à partir du séquençage de 200 lignées de soya

2) Carte des haplotypes pour les lignées d'intérêt des producteurs canadiens

3) Base de données GBS universelle des SNPs à utiliser avec le pipeline TASSEL-GBSv2