Outils pour détecter et identifier les types de P. sojae ou H. glycines aux champs
Objectif principal
Nous visons à développer des outils moléculaires permettant l'identification précise des races / pathotypes de P. sojae et H. glycines présents dans les champs de soja du Canada afin d'aider les utilisateurs finaux dans le développement et la sélection de variétés résistantes à ces pathogènes
Pour les trois principales maladies / ravageurs du soja au Canada, la méthode la plus fiable et la plus économique pour réduire les pertes est l'utilisation de variétés résistantes. Dans le cas du PRR et du SCN, un défi majeur réside dans la capacité à développer / choisir des variétés qui confèrent une résistance aux races / pathotypes spécifiques des agents pathogènes prédominants dans une zone donnée. En l'absence d'informations sur la diversité génétique de P. sojae ou H. glycines présentes dans les champs, les éleveurs et les producteurs ne peuvent pas prendre une décision éclairée sur la façon d'utiliser la résistance génétique. Ce projet propose de développer des outils diagnostiques permettant la première caractérisation complète des populations de P. sojae et H. glycines présentes dans les champs de soja au Canada. Ce n'est pas un problème pour Sclerotinia sclerotiorum comme il n'y a pas de races de ce pathogène et donc pas de gènes de résistance spécifiques aux races.
Les sous-objectifs suivants seront essentiels pour atteindre l'objectif principal.
Act.3.1 Développement d'outils pour identifier les races / pathotypes de P. sojae
3.1a Établir une collection d'isolats de P. sojae qui représentent les races les plus courantes dans les champs canadiens
3.1b Caractériser tous les isolats de P. sojae par GBS et / ou séquençage du génome entier et identifier les marqueurs SNP qui sont uniques et discriminants pour chaque race de cette collection.
3.1c Développer une approche par PCR multiplex pour identifier des races spécifiques de P. sojae à partir d'échantillons de plantes et de sol
3.1d Élaborer une carte détaillée de la présence et de la répartition des races P. sojae dans les champs de soja au Canada
Act.3.2 Développement d'outils pour identifier les pathotypes de H. glycines
3.2a: Identifier par GBS les marqueurs génétiques associés aux types HG (pathotypes) de H. glycines;
3.2b: Comparer les gènes de virulence de différents types de HG en utilisant des technologies de capture basées sur le complément effecteur de H. glycines;
3.2c: Développer des analyses PCR quantitatives pour l'identification rapide des types HG.
3.1.1) Développement d'un test PCR multiplex basé sur des ‘primers’ spécifiques à chaque race
3.1.2) Élaboration d'une carte détaillée détaillant la distribution des différents pathotypes de P. sojae dans toutes les zones de production de soja au Canada.
3.2) Développement d'un test PCR multiplex basé sur des ‘primers’ spécifiques à chaque pathotype